Das Betriebsanlagegenehmigungsverfahren ist ein Projektverfahren. Erst nach der erteilten Genehmigung darf mit der Errichtung und dem Betrieb der Anlage begonnen werden. Allfällige weitere Genehmigungen nach dem Baurecht, Wasserrecht, Naturschutzrecht usw. werden davon nicht berührt. Je nach Art, Ausmaß, Umfang und Zeitaufwand des Vorhabens empfiehlt es sich diese Verfahren getrennt zu führen oder zu vereinigen. In einigen Fällen ersetzt die Betriebsanlagengenehmigung jedoch andere Bewilligungen nach bundesrechtlichen Vorschriften (zB. Arbeitnehmerschutz, Bäderhygiene, Wasserrecht, Forstrecht, Denkmalschutz, Luftfahrtrecht, usw.). Diese gelten als miterteilt.

Bei anhängigen Berufungsverfahren (zB. von Nachbarn) darf mit der Errichtung und dem Betrieb der Anlage bereits vor Rechtskraft begonnen werden, wenn die Auflagen des Genehmigungsbescheides eingehalten werden. Auf Antrag kann auch ein befristeter Probe- bzw. Versuchsbetrieb bewilligt werden.

Betriebsanlagen die nach dem Umweltmanagementgesetz EMAS–zertifiziert sind, bedürfen keiner weiteren Bewilligung. Sämtliche Änderungen sind nur mehr der Behörde anzuzeigen, es besteht jedoch die Pflicht der Folgezertifizierung.